长崎县位于日本本土四岛的最西端，九州的西北部。跟朝鲜半岛和中国大陆特别近，长崎港距中国上海860公里，对马岛距韩国釜山仅有53公里，是日本和亚洲大陆的交流窗口。长崎县的面积只排名全日本第37，但因拥有971个岛屿，且地形为曲折的谷湾式海岸，包括岛屿的海岸线长度达4196公里，位居日本第一。面积排名第一的北海道，其海岸线长度仅2978公里。